目前对于该病许多治疗手段只是有助于减轻炎症和缓解症状，并无法达到完全治愈的目的。抗胆碱能药物苯乙哌啶、易蒙停、无气味的阿片酊或可待因，都有助于缓解病人的腹痛和腹泻。这些药物都采用口服，在进食前服用效果更好。
使用甲基树脂或车前草制剂有助于使大便成形而预防肛门受刺激。
常常使用广谱抗生素。灭滴灵有助于减轻克罗恩病的症状，尤其是当病变累及大肠或引起肛门周围脓肿和瘘管时。但长期使用灭滴灵可能造成神经损害，引起双上下肢的针刺样感。通常在停药后，这种副作用会消失，但又常常使克罗恩病复发。
水杨酸偶氮磺胺吡啶及其相关药物能控制轻度的炎症，尤其是对大肠的炎症，但这些药物对急性、严重发作者治疗效果较差。
皮质类固醇如强的松，可有效减轻发热和腹泻，缓解腹痛和压痛，增进食欲和改善身体一般状况。但是，长期使用皮质类固醇无例外地都会引起较严重的副作用。通常，应用大剂量缓解急性或重度的炎症和症状后，就应减小剂量，并尽早停用。
某些药物，如硫唑嘌呤和巯嘌呤，能调整病人免疫系统的反应，用于对其他药物无效的病人，或作为维持缓解的长期用药。
这些药物能显著改善病人的全身情况，减少皮质类固醇的需要量，并常常能治愈瘘管。但这些药物常需用药3～6个月以上才能产生疗效，而且有潜在的严重副作用。因此，用药期间必须严密监视有无过敏、胰腺炎和白细胞减少发生。配方饮食将每一种营养成分准确测量后配制成要素饮食，至少可短期内改善肠梗阻或瘘管的病情，也有助于儿童患者更好地生长发育。在手术前或手术后可试用这种饮食，或将这种饮食作为手术治疗的辅助治疗手段。偶尔，需要用全胃肠外营养，即从静脉输入高浓度营养物质，以补偿克罗恩病造成的吸收不良。
发生肠梗阻或脓肿、瘘管不愈，也可能需要手术治疗。手术切除病变肠段可缓解症状，但不能治愈本病。
炎症大多在肠段连接处复发。大约一半的病人需要作第二次手术。最后，外科手术仅限于某些特殊并发症者，或药物治疗失败者。大多数经手术治疗的病人认为其生存质量优于手术前。
一般说来，克罗恩病不会缩短病人的寿命，但是，一些长病程的克罗恩病患者可死于消化道癌。
肠结核和克罗恩的区别主要表现在病因、临床表现及相关检查三方面:首先，在病因上。肠结核是由于肠道感染了结核杆菌。而克罗恩只是一种炎症性的肠病和感染无关。其次，临床表现上。肠结核会出现低热、盗汗等结核病的表现，也会出现肠道的表现，如腹痛、腹泻、便秘等。而克罗恩病无结核表现，主要表现为肠道系统的症状。除此之外，在检查上两者也有明显的区别。在结肠镜下肠结核的黏膜可以形成横行、浅表，且不规则的溃疡。而克罗恩病呈纵行裂隙状，并且肠结核抗酸杆菌染色多为强阳性。
肛瘘不能排除克罗恩病，肛瘘是和平时期长期便秘引起的，它与不良的饮食习惯和忽视个人卫生密切相关，肛瘘是发生在肛门直肠周围的脓肿溃破或切口引流的后遗病变。一般有一个通畅的完整的管道，一头在肛窦，一头在肛缘外，或在直肠壁。而克罗恩病是是一种原因不明的肠道炎症性疾病。临床表现为腹痛、腹泻、肠梗阻，所以说克罗恩病不是肛瘘。主要的表现是在肛缘触及索条状硬块，按压轻度疼痛，一定要及时的调理，不可以一拖再拖，以免病情加重，错过最佳的治疗时期。
肠瘘是指体外肠、肠与其他器官或器官之间的病理通道引起的一系列病理生理变化，如感染、体液流失、营养不良、器官功能障碍等。如果手术后发生这种情况，很可能会影响患者的正常生活，也会影响患者的饮食情况，所以这种情况可以到医院进行相关检查，然后用外科方法进行治疗，通常患者应该多注意休息，随时是时候观察他们的情况了。克罗恩病是一种病因不明的胃肠道慢性炎症性肉芽肿性疾病，易发生内瘘、外瘘等并发症。建议您保持冷静，及时到当地正规医院进行腹部手术。
肛瘘不能排除克罗恩病，肛瘘是和平时期长期便秘引起的，它与不良的饮食习惯和忽视个人卫生密切相关，肛瘘是发生在肛门直肠周围的脓肿溃破或切口引流的后遗病变。一般有一个通畅的完整的管道，一头在肛窦，一头在肛缘外，或在直肠壁。而克罗恩病是是一种原因不明的肠道炎症性疾病。临床表现为腹痛、腹泻、肠梗阻，所以说克罗恩病不是肛瘘。主要的表现是在肛缘触及索条状硬块，按压轻度疼痛，一定要及时的调理，不可以一拖再拖，以免病情加重，错过最佳的治疗时期。
克罗恩病患者可以适量食用葡萄等营养丰富、口感酸甜的水果及蔬菜，如苹果、香蕉、木瓜、杨梅、石榴、火龙果、胡萝卜、白菜、芹菜、冬瓜、番茄等，以补充能量，提高免疫力，但需注意适量，以防增加胃肠道负担，导致消化不良。同时，患者应多休息，避免劳累，保暖，适量运动，并在症状严重时及时就医，以避免延误治疗。
溃疡性结肠炎与克罗恩病作为两种病因不明的非特异性炎性肠病，它们在病变部位、临床症状以及肠镜下和影像学改变上存在显著差异。克罗恩病易于影响回肠末端或右半结肠，患者多表现出右下腹部的隐约疼痛、腹痛与腹泻，但无里急后重现象；而溃疡性结肠炎则倾向于影响乙状结肠和直肠下端，其疼痛多位于左下腹部，在急性发作时伴有血样大便及里急后重。肠镜检查下，克罗恩病表现为阶段性病灶，特征性为“铺路石样”改变，而溃疡性结肠炎则显示为连续性的肠道病变。这些差异有助于临床医生在诊断时进行准确区分。
肛瘘4个月不结疤，正常情况下和克罗恩病是没关系的，肛瘘是由于，如果再次出现了疾病的传染就会容易影响到组织的结疤。可以采取挂线的疗法来实施救治，要去医院复诊，如果中间有脓肿的话，要动用抗生素的药物来实施用药，同时要做个肠镜仔细检查来理解可有患上克罗恩病。需要声明注意多喝白开水，多吃新鲜蔬菜水果，不要长时间久坐。
肛周脓肿与克罗恩病也有一定的关系。克罗恩病主要的症状就是反复出现腹泻，因为腹泻次数多，粪便内的细菌会反复刺激肛门，导致局部出现细菌感染而引起急性的化脓性脓肿，肛门出现疼痛、灼热下坠感，并有瘙痒症状。此种情况必须要用药治疗克罗恩病，控制腹泻，并要注意局部的清洁卫生，每次便后用温水洗干净肛门。同时需做手术切开脓肿进行排脓，再静脉点滴抗生素抗炎治疗，结合局部用中药洗剂坐浴，促进炎症的逐渐吸收消退。因此，肛周脓肿与克罗恩病是有关系。
肠道痉挛有可能是克罗恩病引起的。因为克罗恩病是一种局限性肠炎，常发生于末端回肠与临近右侧结肠，呈节段性分布。临床以腹痛、腹泻、腹部肿块、肠梗阻和漏管形成为主要特点，也可有贫血、发热、营养障碍等症状。临床表现多出现腹痛，常于进餐后加重排便或排气后可缓解，腹痛的发生可能与肠内容物通过炎症和狭窄长段引起局部肠痉挛有关。
肛裂不一定是克罗恩病引起的，因为克罗恩病主要发生在回肠和右半结肠，是肠道慢性炎症性疾病，一般不引起肛裂。而肛裂的形成，往往跟长期便秘、肛门内括约肌痉挛、肛管先天发育异常等导致的。肛裂容易导致溃疡、疼痛、出血等症状，长期出血会导致贫血，如果出血量大的话，也可能出现失血性休克。所以肛裂的患者，需要及早诊治，必要时手术治疗。
