(一)发病原因
迄今为止尚未确定。近年来的研究趋向认为本病可能是遗传易感性和多种外源性因素共同相互作用的结果。
1.遗传易感性
(1)遗传因素：大量资料表明，Crohn病与遗传因素有关。研究发现单卵发育的孪生子之间患Crohn病的一致性比率明显升高，为67％，而双合子的孪生子，其一致性比率仅为8％。同时发现Crohn病患者与配偶之间表现为不一致性，且与普通人群无差别。
以上表明本病有家族聚集性。另有报道，犹太人与非犹太人相比，犹太人家族中此病的发病率高，并发现主要是那些阿斯肯纳兹(AshKenazi)人种。对散居在世界各地的阿斯肯纳兹人的调查，其Crohn病的发病率高于那些同一地区居住的非阿斯肯纳兹人的居民，可能阿斯肯纳兹犹太人代表着人类中具有遗传易感性的人群。也有报道表明，Crohn病患者多与HLA-DR4型血清抗原有关。遗传因素究竟如何影响本病的发生尚不清楚。有人认为遗传基因决定机体的免疫反应，炎症性肠病患者的遗传因素决定其对一些肠腔内的抗原物质具有过强的免疫应答反应。
(2)易感性的改变：目前多数学者认为，Crohn病的发生可能与机体对肠道内多种抗原刺激的免疫应答反应异常有关。越来越多的证据表明，Crohn病患者固有膜的T细胞激活增强，包括T细胞激活的表面标志表达增加，T细胞细胞活素生成增加，以及细胞毒T细胞功能增加。这种T细胞激活的增加导致了效应细胞(如中性白细胞)的聚集。并随后合成破坏性物质(如蛋白酶和反应性氧代谢产物)，由此造成Crohn病肠损伤。
T细胞激活的触发机制尚不清楚。过去曾有人坚信是慢性分枝杆菌感染所致，但无可靠证据。目前认为可能不是单一的，更可能由一些广为存在的触发物质所激活。Crohn病的根本缺陷导致了T细胞永久处于激活状态，这种缺陷是目前探索的课题，它可能是外源的抗原、增加的抗原传递(肠渗透性增加)以及有遗传倾向的黏膜免疫障碍之间复杂的相互作用的结果。
目前研究表明，关于本病曾被认为是一种自身免疫紊乱性疾病的观点是不准确的。实际上，尚无可信的证据表明存在有直接与任何自身抗原(这种抗原可引起Crohn病中所观察到的炎症过程)相关的免疫应答。
2.外源性因素
(1)感染因素：早年因Crohn病的病理表现与非钙化的结核病变相似，曾怀疑本病由结核杆菌引起，但用各种方法均未能分离出此病菌。20世纪70年代末80年代初有从Crohn病切除的肠段和肠系膜淋巴结中培养出Kansasii分枝杆菌或与结核杆菌类似的分枝杆菌的报道。
研究发现，这些分枝杆菌接种于小鼠腹腔中可在其肝、脾中发生肉芽肿并出现抗酸杆菌。再把这些抗酸杆菌给乳羊口服，数月后羊的回肠末端可发生非干酪性肉芽肿从而认为分枝杆菌可能是Crohn病的病因。但有作者观察到这些分枝杆菌在一些非炎症性肠病或正常人的肠组织中也存在，且曾有报道粪链球菌可引起兔肠壁的局部肉芽肿，所以还不能肯定这些分枝杆菌是本病的确切致病因素。
也曾有人怀疑Crohn病的病因是病毒。1970年Mitchell和Rees将Crohn病病人的肠系膜淋巴结和组织匀浆通过220nm过滤筛后接种于大鼠脚趾，经过6～24个月后，大鼠脚趾上发生上皮样细胞肉芽肿和巨细胞肉芽肿，用同样方法可使兔回肠出现肉芽肿。免疫抑制药对病变的发生不产生影响，证明可能存在一种可传染的微生物，其大小可能是病毒。
但这一实验结果未能得到重复。还有认为Crohn病与麻疹、流感等病毒感染有关。但迄今为止未能从Crohn病患者的肠组织中分离出真正的病毒颗粒，故本病病因还不能确认为病毒。
(2)环境因素：城区居民较农村人群的发病率高，这种差异在乡村保健水平很高的瑞典也存在，这可能与社会、经济地位有关。
一些研究表明，口服避孕药使炎症性肠病的发病危险增加。但另一些研究未能证实。
大量研究证明吸烟者患Crohn病的危险增加。而且吸烟可以增加Crohn病复发的可能性。其机制尚不清楚。
一些潜在的环境因素可激发Crohn病的发生。食用精制糖增加已被确认是一不利因素。一个普通的产期也可作为一种刺激因素而使一些孕妇于产后发生Crohn病。
(二)发病机制
1.病变的分布本病从口至肛门的全胃肠道的任何部位均可受累，病变呈跳跃式或节段性分布。
小肠和结肠同时受累最为常见，占40％～60％;限于小肠，主要是末端回肠发病的占30％～40％;单独发生在肛门或直肠的病变少见，约占3％，多与小肠和结肠病变合并存在;结肠单独发病者较少，占5％～20％。胃或十二指肠、食管、口部病变总共约占10％以下。
2.大体病理早期病变呈口疮样小溃疡，大小不等。最小者如针尖，伴有出血；较大者边界清楚浅表，底为白色。手术切除时如遗漏小的病变，可从该处复发。典型溃疡呈纵行或匐行性，不连续，大小不等。
鹅卵石样改变约在1/4病例中存在。
肠壁增厚、肠腔狭窄较多见。手术病例中95％左右存在狭窄。
有些Crohn病可见多发炎症性息肉。
3.显微镜所见显微镜下病变见于肠黏膜层、黏膜下层和浆膜层，主要是黏膜下层。常见淋巴细胞聚集，可有生发中心。淋巴细胞聚集的部位与血管和扩张的淋巴管有密切关系。浆膜层的淋巴细胞聚集可形成玫瑰花环样。
也可见到浆细胞、多核细胞和嗜酸性粒细胞。黏膜层可见到陷窝脓肿。非干酪性肉芽肿为本病的重要特征之一，由上皮样细胞和巨细胞组成，中心无干酪性坏死，并不常见，仅见于50％左右的病例。需要注意的是肉芽肿也可在耶尔森菌属感染或衣原体感染时发现，有经验的病理学家可通过组织切片加以鉴别。5％病例中可见玻璃样变和甲介状的包涵体，与结节病和结核病所见相同。肉芽肿常常很不典型，有由淋巴细胞形成的明显边界。可见于肠壁的全层，但以黏膜下层和浆膜层最易出现。除肠壁外，局部淋巴结中也可发现肉芽肿。
肠壁的裂隙溃疡深达固有肌层。跨壁性的穿透是形成内瘘管和皮肤瘘管以及脓肿的基础。肉眼下裂隙呈线状，可有分支，周围为水肿和岛状黏膜。横断面上，裂隙分支表现为壁内脓肿。
由于水肿和淋巴管扩张及胶原纤维数量增加，黏膜下层增宽，肠壁增厚。
肠结核和克罗恩的区别主要表现在病因、临床表现及相关检查三方面:首先，在病因上。肠结核是由于肠道感染了结核杆菌。而克罗恩只是一种炎症性的肠病和感染无关。其次，临床表现上。肠结核会出现低热、盗汗等结核病的表现，也会出现肠道的表现，如腹痛、腹泻、便秘等。而克罗恩病无结核表现，主要表现为肠道系统的症状。除此之外，在检查上两者也有明显的区别。在结肠镜下肠结核的黏膜可以形成横行、浅表，且不规则的溃疡。而克罗恩病呈纵行裂隙状，并且肠结核抗酸杆菌染色多为强阳性。
肛瘘不能排除克罗恩病，肛瘘是和平时期长期便秘引起的，它与不良的饮食习惯和忽视个人卫生密切相关，肛瘘是发生在肛门直肠周围的脓肿溃破或切口引流的后遗病变。一般有一个通畅的完整的管道，一头在肛窦，一头在肛缘外，或在直肠壁。而克罗恩病是是一种原因不明的肠道炎症性疾病。临床表现为腹痛、腹泻、肠梗阻，所以说克罗恩病不是肛瘘。主要的表现是在肛缘触及索条状硬块，按压轻度疼痛，一定要及时的调理，不可以一拖再拖，以免病情加重，错过最佳的治疗时期。
肠瘘是指体外肠、肠与其他器官或器官之间的病理通道引起的一系列病理生理变化，如感染、体液流失、营养不良、器官功能障碍等。如果手术后发生这种情况，很可能会影响患者的正常生活，也会影响患者的饮食情况，所以这种情况可以到医院进行相关检查，然后用外科方法进行治疗，通常患者应该多注意休息，随时是时候观察他们的情况了。克罗恩病是一种病因不明的胃肠道慢性炎症性肉芽肿性疾病，易发生内瘘、外瘘等并发症。建议您保持冷静，及时到当地正规医院进行腹部手术。
肛瘘不能排除克罗恩病，肛瘘是和平时期长期便秘引起的，它与不良的饮食习惯和忽视个人卫生密切相关，肛瘘是发生在肛门直肠周围的脓肿溃破或切口引流的后遗病变。一般有一个通畅的完整的管道，一头在肛窦，一头在肛缘外，或在直肠壁。而克罗恩病是是一种原因不明的肠道炎症性疾病。临床表现为腹痛、腹泻、肠梗阻，所以说克罗恩病不是肛瘘。主要的表现是在肛缘触及索条状硬块，按压轻度疼痛，一定要及时的调理，不可以一拖再拖，以免病情加重，错过最佳的治疗时期。
克罗恩病患者可以适量食用葡萄等营养丰富、口感酸甜的水果及蔬菜，如苹果、香蕉、木瓜、杨梅、石榴、火龙果、胡萝卜、白菜、芹菜、冬瓜、番茄等，以补充能量，提高免疫力，但需注意适量，以防增加胃肠道负担，导致消化不良。同时，患者应多休息，避免劳累，保暖，适量运动，并在症状严重时及时就医，以避免延误治疗。
溃疡性结肠炎与克罗恩病作为两种病因不明的非特异性炎性肠病，它们在病变部位、临床症状以及肠镜下和影像学改变上存在显著差异。克罗恩病易于影响回肠末端或右半结肠，患者多表现出右下腹部的隐约疼痛、腹痛与腹泻，但无里急后重现象；而溃疡性结肠炎则倾向于影响乙状结肠和直肠下端，其疼痛多位于左下腹部，在急性发作时伴有血样大便及里急后重。肠镜检查下，克罗恩病表现为阶段性病灶，特征性为“铺路石样”改变，而溃疡性结肠炎则显示为连续性的肠道病变。这些差异有助于临床医生在诊断时进行准确区分。
肛瘘4个月不结疤，正常情况下和克罗恩病是没关系的，肛瘘是由于，如果再次出现了疾病的传染就会容易影响到组织的结疤。可以采取挂线的疗法来实施救治，要去医院复诊，如果中间有脓肿的话，要动用抗生素的药物来实施用药，同时要做个肠镜仔细检查来理解可有患上克罗恩病。需要声明注意多喝白开水，多吃新鲜蔬菜水果，不要长时间久坐。
肛周脓肿与克罗恩病也有一定的关系。克罗恩病主要的症状就是反复出现腹泻，因为腹泻次数多，粪便内的细菌会反复刺激肛门，导致局部出现细菌感染而引起急性的化脓性脓肿，肛门出现疼痛、灼热下坠感，并有瘙痒症状。此种情况必须要用药治疗克罗恩病，控制腹泻，并要注意局部的清洁卫生，每次便后用温水洗干净肛门。同时需做手术切开脓肿进行排脓，再静脉点滴抗生素抗炎治疗，结合局部用中药洗剂坐浴，促进炎症的逐渐吸收消退。因此，肛周脓肿与克罗恩病是有关系。
肠道痉挛有可能是克罗恩病引起的。因为克罗恩病是一种局限性肠炎，常发生于末端回肠与临近右侧结肠，呈节段性分布。临床以腹痛、腹泻、腹部肿块、肠梗阻和漏管形成为主要特点，也可有贫血、发热、营养障碍等症状。临床表现多出现腹痛，常于进餐后加重排便或排气后可缓解，腹痛的发生可能与肠内容物通过炎症和狭窄长段引起局部肠痉挛有关。
肛裂不一定是克罗恩病引起的，因为克罗恩病主要发生在回肠和右半结肠，是肠道慢性炎症性疾病，一般不引起肛裂。而肛裂的形成，往往跟长期便秘、肛门内括约肌痉挛、肛管先天发育异常等导致的。肛裂容易导致溃疡、疼痛、出血等症状，长期出血会导致贫血，如果出血量大的话，也可能出现失血性休克。所以肛裂的患者，需要及早诊治，必要时手术治疗。
