自然流产的基本病因,目前临床上以及各种科学研究均支持孕囊,或胚胎染色体异常,会导致流产几率增高,并且染色体异常占所有流产几率的70%以上。导致自然流产的因素,还有母体因素,比如如果母体有比较严重的全身感染性疾病,免疫性疾病,以及比较严重的盆腔炎,都有可能会引起胎儿发育异常,导致自然流产。如果母亲生殖器先天发育异常,比如存在双角子宫、单角子宫、纵隔子宫孕囊在宫腔内着床之后后期生长空间不足,也会发生自然流产。同时母体伴有比较严重的内分泌疾病,比如多囊卵巢综合征,卵巢不能够分泌足够量的孕激素维持胎儿的正常发育,在胎盘没有建立之前就会发生自然流产。