甲状舌管囊肿手术风险有以下几点:一、排除异位甲状腺,因为在胚胎发育过程中,甲状舌管未闭管道残留,后天感染所形成的囊肿样物。部分患者因为先天的发育的异常,可以在舌骨水平或舌根形成异位甲状腺,就是该有甲状腺的部位没有甲状腺,而舌骨水平也就是甲舌囊肿部位形成异位的甲状腺。二、常见的并发症,包括肿瘤的复发,甲状舌管未切除干净后的复发,如果没有切除舌骨复发率很高,可以高达90%。而切除舌骨,甲状舌管囊肿复发率小于1%。三、术后出血,可能影响气道的安全,因此窒息甚至需要做气管切开危及生命。四、患者可以发生咽瘘,咽腔离他很近,特别在儿童如果不注意可能进入咽腔,导致咽瘘的发生。如果术中发现有咽腔的破损,应该及时缝合。神经的损伤,因为甲状舌管周围有舌下神经,在止血的过程中,可能会损伤舌下神经或者喉上神经。