月经第三天同房是否会影响正常生理周期,需要根据具体情况进行判断。如果女性的月经已经结束,则不会对身体造成不良影响;但如果女性正处于经期,则可能会导致子宫内膜脱落不全、感染等情况。1.不会:如果女性在月经期间已经完全干净,并且没有出现不适症状,此时进行性生活一般不会影响正常的生理周期。但是要注意避免频繁进行性生活,以免引起阴道炎等疾病。2.会:如果女性正处于月经期间,而且月经还没有完全结束,在此期间进行性生活容易导致子宫受到刺激,从而出现子宫内膜脱落不全的情况,甚至还会诱发痛经、腹痛等症状。因此是会对生理周期产生影响的。建议患者及时就医检查并治疗,以免延误病情。同时还要注意个人卫生,勤换洗内裤,以免滋生大量细菌出现妇科炎症。