抗艾滋病毒的药物可能会有很多不良反应,各种抗病毒药物之间也可能有相互作用,抗病毒药物与治疗其他疾病的药物之间也可能存在相互作用。药物的不良反应有的比较轻微,有的比较严重,有的甚至会威胁生命。轻微的不良反应主要是胃肠道的刺激症状,如恶心、呕吐、腹痛、腹泻,也可以有头痛和失眠、眩晕、疲惫、皮疹等不良反应。在治疗开始后,几周内可能会比较严重,但是随着治疗的进行,这些症状会逐渐好转。如果实在不能耐受这些不良反应,则必须在医生的指导下停药。抗艾滋病毒治疗的依从性非常重要,治疗开始前医生应与艾滋病毒感染者及家庭成员,进行药物不良反应的沟通,要让其充分了解可能出现的症状及严重程度。