通过临床体检会得到对阴茎癌的初步诊断,经过肿瘤的组织活检后能够得到确诊。在临床体检中,医生一般先查看患者的阴茎部位是否有占位性病变,如在包块上有无糜烂或溃疡,检查阴茎病变部位皮肤的颜色有无改变,如是否苍白或有无斑红状发红等变化。若有阴茎菜花肿物且伴有溃疡恶臭等,则为典型的阴茎癌的临床表现。此外是活检,即从阴茎肿物局部组织中取出一块活组织进行病理检查。一般通过外科手术切取肿瘤组织,或通过穿刺活检针取一小块组织做成病理切片,进行病理检查。病理活检是阴茎癌诊断中最准确的方法,也是金标准。在临床上必须要通过病理活检来明确诊断,若怀疑腹股沟有淋巴结肿大,即有腹股沟淋巴结的转移时,应取腹股沟淋巴结进行活检。由于阴茎癌合并有感染,因此腹股沟淋巴结肿大并不代表其必然为阴茎癌。因为有时腹股沟淋巴结肿大是感染引起的炎性淋巴结肿大。