巧克力囊肿做腹腔镜手术,原则上讲没有明确的时间限制,只要不在月经期都可以做手术。但是如果有以下情况是需要选择时间的:第一、如果是因为巧克力囊肿合并不孕,需要在进行巧克力囊肿剥除手术的同时进行输卵管通液;第二、合并宫腔病变,同时在一次麻醉下进行宫腔镜检查的时候,就需要选择在月经干净的3-7天之内。因为不管是输卵管通液还是宫腔镜检查,如果子宫内膜偏厚就会导致医源性子宫内膜种植,以及上行性感染。所以说在合并上述手术时,就需要选择特定时间,如果单纯做巧克力囊肿剥除手术则不需要选择特定时间,只要不在月经期都可以进行巧克力囊肿的腹腔镜手术。