巧克力囊肿会影响生育。每一次月经来潮,卵巢异位囊肿内都会有内膜脱落和出血,血液聚集在囊肿内,使囊肿越来越大,所以每来一次月经,囊肿就会增大一些,月经干净以后,囊肿内的部分液体会被身体吸收,囊肿体积就会缩小一些,但囊肿体积会越来越大,甚至发生破裂,而且囊肿的张力会随着囊内血液的增加会越来越大,就会向卵巢组织中渗入,破坏卵巢的结构和功能。卵巢的主要功能是,排卵和分泌性激素,这些功能对生育至关重要。当卵巢组织受到破坏,无疑对生育功能也产生了不良的影响,所以患有子宫内膜异位症的患者,往往也是不孕症的患者,即使怀孕,也会因为黄体功能不足而发生流产。