肥胖患者青春期性功能发育迟缓的原因很复杂,与患者的性别相关。女孩子在青春期时容易导致肥胖,肥胖会造成患者睾酮比正常人高一些,会增加成年人患多囊卵巢综合征的发病率,同时肥胖的青春期女孩性激素,如卵泡刺激素、黄体生成素的水平会减少,出现性激素紊乱,也可以导致青春期发育的延迟。青春期肥胖男孩血液中卵泡刺激素及黄体生成素的水平也是显著下降的,这一类激素下降后导致青春期发育延迟是非常多见的。青春期肥胖男性因为体脂增加,会导致雄激素和雌激素的比例失调,雌激素的比例相对更高能够抑制垂体促性腺激素的分泌,导致睾丸分泌睾酮的减少,也会引起青春期发育延迟。