母体的全身性疾病,包括严重的全身感染、高热或者是合并有严重的内外科疾病,都可以导致流产和胚胎停育、黄体功能不足、甲状腺功能低下、严重的糖尿,病血糖没有很好的控制,也会引起流产和胚胎停育,免疫因素由于抗磷脂抗体阳性或者是母儿血型不合,导致胚胎停育或胎儿流产的发生率也较高。对于早期流产子代的检查发现,大约有50%到60%的胚胎停育,自然流产的孕妇有胎儿染色体的异常,夫妇任何一方有染色体异常都可以传至子代,导致胚胎停育和自然流产。另外就是子宫畸形,如双角子宫、单角子宫、子宫纵隔、宫腔粘连等等,都是引起胚胎停育的原因。