卵巢囊肿的情况是多种多样的，卵巢囊肿分为良性和恶性。卵巢囊肿是广义上的卵巢肿瘤的一种。
卵巢囊肿的病因主要有以下几个方面：
1.子宫内膜种植学说：Sampson最早提出月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入腹腔，种植于卵巢和邻近的盆腔腹膜，并继发生长和蔓延，发展成子宫内膜异位症。
2.淋巴及静脉播散学说：在盆腔静脉或淋巴结中发现子宫内膜组织存在支持该论点，并认为远离盆腔部位的器官如肺，手，大腿的皮肤和肌肉发生的子宫内膜异位可能是淋巴或静脉播散的结果。
3.体腔上皮化生学说：女性生殖系统上皮，卵巢生殖上皮及盆腔腹膜胸膜均起源于体腔上皮，当受到炎症，创伤，雌激素过高等因素的影响时，或体腔上皮，反复受经血，激素或慢性炎症的刺激可以化生为子宫内膜样组织，形成子宫内膜异位症。
4.免疫学说：有人认为在妇女免疫功能正常的情况下，月经期经输卵管流入腹腔的内膜细胞为主的局部免疫系统所杀灭，若局部免疫功能不足或逆流腹腔内的内膜细胞数量过多时，免疫细胞不足以将杀灭，即发生子宫内膜异位症。
5.基因学说：某些子宫内膜异位症患者，在其家属中同病的发生率较一般妇女为多，因而推测可能有遗传基因的存在。
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