根据我国卫生部2000年颁发的标准，非淋菌性尿道炎诊断应根据临床表现与实验室检查结果综合分析。目前由于衣原体的培养和诊断试剂盒的使用不够规范，也不普遍，因此临床诊断中只需见到有炎症细胞(多形核白细胞)并排除淋球菌感染即可诊断。
经实验室检查证实沙眼衣原体或支原体等致病性微生物者可以确诊。
非淋菌性尿道炎诊断金标准：
(1)接触史：有非婚性接触史或配偶感染史。
(2)临床表现：男性有浆液性或浆液脓性尿道分泌物，尿痛或尿道刺痒和不适感。女性有白带增多，色黄或带血性，或有异昧，子宫颈口可见黏液脓性分泌物
(3)实验室检查：①取男性尿道分泌物或刮片标本，或女性子宫内膜标本，作涂片革兰染色和淋球菌培养检查，无淋球菌的证据。②涂片检查：对男性患者，取尿道分泌物涂片，作革兰染色检查，可见多形核白细脆，在油镜(lOOxl0倍)下，平均每视野多形核白细胞≥5个为阳性。晨尿或禁尿后4小时的首次尿(前段尿l5毫升)离心沉渣在高倍镜(40xl0倍)视野下，平均每视野多形核白细胞≥l5个为阳性。
对女性患者，用拭子以子宫颈内膜标本涂片，作革兰染色，在油镜(lOOxl0倍)下平均每视野多形核白细胞≥10个为阳性(应除外滴虫感染)。
对非淋菌性尿道炎(子宫颈炎)的确诊，除上述条件外，还应有下列之一：①沙眼衣原体检测：如果检测结果阳性，对非淋菌性尿道炎有诊断意义;②解脲支原体检测：男性患者解脲支原体堵养阳性，结合病史和其他实验室检查，有助于非淋菌性尿道炎的诊断。
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