男性阴茎短小诱发的因素，主要与遗传、体质虚寒、营养不良，还有过于频繁的性生活等因素有关。
小阴茎受遗传基因的影响，及包皮过长，缺乏生长必要空间，使阴茎得不到良好的生长发育。另外如果属于体寒、怕冷的体质，长期处于体内阳气不足，使阴茎内缩于腹腔内，从而造成短小的现象。而后天阴茎短小，主要是睾丸萎缩引起，如长其从事微波、超声、高温、放射线等作业男性。
小阴茎的诱发因素与营养不良有直接的关系，母体怀孕期间因用药不当影响雄性激素分泌，引起先天不足，或青少年发育期间摄入的锌、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏能量等因素影响。
