表1归纳了Crohn病的鉴别诊断。
1.小肠及回盲部疾病
(1)急性阑尾炎：一般腹泻少见，右下腹痛比较严重，压痛及肌紧张更明显。发病急，病程短，有发热，血白细胞增加。但有些病例仍难准确地鉴别。
当可疑急性阑尾炎，病情重且持续时，应剖腹探查，以免阑尾坏死或穿孔造成更严重后果。腹部CT扫描有助于两者的鉴别。
(2)肠结核：与本病不易鉴别，X线表现也很相似。在其他部位如肺部或生殖系统有结核病灶者，多为肠结核。结肠镜检查及活检有助鉴别，如仍不能鉴别，可试用抗结核治疗。如疗效不显著，常需开腹探查，经病理检查才能诊断。病理检查中，结核病可发现干酪性肉芽肿，而Crohn病则为非干酪性肉芽肿。
(3)小肠淋巴瘤：腹泻、腹痛、发热，体重下降，疲劳感更为明显，更易发生肠梗阻。症状多为持续性，恶化较快。腹部肿块与Crohn病比边界较清楚，较硬，一般无压痛。可有浅表淋巴结和肺门淋巴结肿大以及肝、脾明显肿大。X线及小肠镜检查可发现肠腔内肿物及溃疡。
小肠活检有助于诊断。
(4)十二指肠壶腹后溃疡：十二指肠Crohn病常与消化性溃疡的症状和X线表现相似。但Crohn病的疼痛不如十二指肠溃疡有规律。纤维内镜检查及活检有助于诊断。制酸剂治疗对消化性溃疡有效，而对Crohn病则无效。
(5)非肉芽肿性溃疡性空肠回肠炎：腹痛和腹泻是此病的突出表现。体重下降，吸收不良和低蛋白血症更为明显。小肠活检病变为弥漫性，绒毛变平和增厚，基底膜炎症浸润，黏膜溃疡。
2.结肠疾病
(1)溃疡性结肠炎见表2。
(2)缺血性结肠炎：为血管供血障碍所致。多见于老年。起病较急骤，多先有腹痛，继之腹泻便血。病程为急性过程。结肠镜及钡灌肠造影有助于诊断。
(3)结、直肠结核：较回盲部少见。其特点见回肠、小肠结核。
(4)阿米巴肠炎：寻找阿米巴原虫有助于诊断，但慢性阿米巴肠炎难以找到阿米巴原虫。据报道，血凝试验是诊断阿米巴肠炎的有用方法。
(5)结肠淋巴瘤：参见小肠淋巴瘤。通过结肠镜及其活检一般可明确诊断。
(6)放射性结肠炎：与放射部位相一致，病变程度与放射量有关。
肠结核和克罗恩的区别主要表现在病因、临床表现及相关检查三方面:首先，在病因上。肠结核是由于肠道感染了结核杆菌。而克罗恩只是一种炎症性的肠病和感染无关。其次，临床表现上。肠结核会出现低热、盗汗等结核病的表现，也会出现肠道的表现，如腹痛、腹泻、便秘等。而克罗恩病无结核表现，主要表现为肠道系统的症状。除此之外，在检查上两者也有明显的区别。在结肠镜下肠结核的黏膜可以形成横行、浅表，且不规则的溃疡。而克罗恩病呈纵行裂隙状，并且肠结核抗酸杆菌染色多为强阳性。
肛瘘不能排除克罗恩病，肛瘘是和平时期长期便秘引起的，它与不良的饮食习惯和忽视个人卫生密切相关，肛瘘是发生在肛门直肠周围的脓肿溃破或切口引流的后遗病变。一般有一个通畅的完整的管道，一头在肛窦，一头在肛缘外，或在直肠壁。而克罗恩病是是一种原因不明的肠道炎症性疾病。临床表现为腹痛、腹泻、肠梗阻，所以说克罗恩病不是肛瘘。主要的表现是在肛缘触及索条状硬块，按压轻度疼痛，一定要及时的调理，不可以一拖再拖，以免病情加重，错过最佳的治疗时期。
肠瘘是指体外肠、肠与其他器官或器官之间的病理通道引起的一系列病理生理变化，如感染、体液流失、营养不良、器官功能障碍等。如果手术后发生这种情况，很可能会影响患者的正常生活，也会影响患者的饮食情况，所以这种情况可以到医院进行相关检查，然后用外科方法进行治疗，通常患者应该多注意休息，随时是时候观察他们的情况了。克罗恩病是一种病因不明的胃肠道慢性炎症性肉芽肿性疾病，易发生内瘘、外瘘等并发症。建议您保持冷静，及时到当地正规医院进行腹部手术。
肛瘘不能排除克罗恩病，肛瘘是和平时期长期便秘引起的，它与不良的饮食习惯和忽视个人卫生密切相关，肛瘘是发生在肛门直肠周围的脓肿溃破或切口引流的后遗病变。一般有一个通畅的完整的管道，一头在肛窦，一头在肛缘外，或在直肠壁。而克罗恩病是是一种原因不明的肠道炎症性疾病。临床表现为腹痛、腹泻、肠梗阻，所以说克罗恩病不是肛瘘。主要的表现是在肛缘触及索条状硬块，按压轻度疼痛，一定要及时的调理，不可以一拖再拖，以免病情加重，错过最佳的治疗时期。
克罗恩病患者可以适量食用葡萄等营养丰富、口感酸甜的水果及蔬菜，如苹果、香蕉、木瓜、杨梅、石榴、火龙果、胡萝卜、白菜、芹菜、冬瓜、番茄等，以补充能量，提高免疫力，但需注意适量，以防增加胃肠道负担，导致消化不良。同时，患者应多休息，避免劳累，保暖，适量运动，并在症状严重时及时就医，以避免延误治疗。
溃疡性结肠炎与克罗恩病作为两种病因不明的非特异性炎性肠病，它们在病变部位、临床症状以及肠镜下和影像学改变上存在显著差异。克罗恩病易于影响回肠末端或右半结肠，患者多表现出右下腹部的隐约疼痛、腹痛与腹泻，但无里急后重现象；而溃疡性结肠炎则倾向于影响乙状结肠和直肠下端，其疼痛多位于左下腹部，在急性发作时伴有血样大便及里急后重。肠镜检查下，克罗恩病表现为阶段性病灶，特征性为“铺路石样”改变，而溃疡性结肠炎则显示为连续性的肠道病变。这些差异有助于临床医生在诊断时进行准确区分。
肛瘘4个月不结疤，正常情况下和克罗恩病是没关系的，肛瘘是由于，如果再次出现了疾病的传染就会容易影响到组织的结疤。可以采取挂线的疗法来实施救治，要去医院复诊，如果中间有脓肿的话，要动用抗生素的药物来实施用药，同时要做个肠镜仔细检查来理解可有患上克罗恩病。需要声明注意多喝白开水，多吃新鲜蔬菜水果，不要长时间久坐。
肛周脓肿与克罗恩病也有一定的关系。克罗恩病主要的症状就是反复出现腹泻，因为腹泻次数多，粪便内的细菌会反复刺激肛门，导致局部出现细菌感染而引起急性的化脓性脓肿，肛门出现疼痛、灼热下坠感，并有瘙痒症状。此种情况必须要用药治疗克罗恩病，控制腹泻，并要注意局部的清洁卫生，每次便后用温水洗干净肛门。同时需做手术切开脓肿进行排脓，再静脉点滴抗生素抗炎治疗，结合局部用中药洗剂坐浴，促进炎症的逐渐吸收消退。因此，肛周脓肿与克罗恩病是有关系。
肠道痉挛有可能是克罗恩病引起的。因为克罗恩病是一种局限性肠炎，常发生于末端回肠与临近右侧结肠，呈节段性分布。临床以腹痛、腹泻、腹部肿块、肠梗阻和漏管形成为主要特点，也可有贫血、发热、营养障碍等症状。临床表现多出现腹痛，常于进餐后加重排便或排气后可缓解，腹痛的发生可能与肠内容物通过炎症和狭窄长段引起局部肠痉挛有关。
肛裂不一定是克罗恩病引起的，因为克罗恩病主要发生在回肠和右半结肠，是肠道慢性炎症性疾病，一般不引起肛裂。而肛裂的形成，往往跟长期便秘、肛门内括约肌痉挛、肛管先天发育异常等导致的。肛裂容易导致溃疡、疼痛、出血等症状，长期出血会导致贫血，如果出血量大的话，也可能出现失血性休克。所以肛裂的患者，需要及早诊治，必要时手术治疗。
