从临床与基础的研究中，诱发扁平苔癣的原因有很多，目前一般认为发病可能与神经精神障碍、病毒感染或自身免疫有关，有报告家族中有同样患者，是否与遗传有关尚无确证，对于此类患者来说，没有必要把疾病的来龙去脉搞的那么透彻，只需要明白病因做好防范即可。
感染因素是比较常见的扁平苔藓的病因。国内有学者提出0LP发病与幽门螺杆菌(HP)感染有关，并有抗HP治疗后有效的报告。但因HP在人群中感染较广泛，亚型也较多，尚需进一步观察。有学者用PCR法检测发现OLP患者外周血中丙型肝炎RNA较对照组显着增高，其与OLP的关系尚需进一步观察。
近些年来，陆续有报道询问得扁平苔癣病最常见的原因是什么?临床研究发现扁平苔藓患者中丙型肝炎病毒(HCV)DNA的流行率增高，提示HCV在扁平苔藓的发病机制中起重要作用。皮损中是否存在HCV及其复制仍需进一步研究。
许多研究表明，在扁平苔藓的形成中由角朊细胞、活性T细胞等分泌的细胞因子可能起着重要的作用，如胸腺细胞活性因子(ETAF)、T细胞生长因子(KTGF)、淋巴细胞趋化因子(LCF)及IL-1、IL-3等活化或吸引T细胞，活化的T细胞分泌的IL-2、肿瘤坏死因子(TNF)β和粒细胞-单核细胞集落刺激因子(GMCSF)，尤其是IFN-1进一步促进淋巴细胞游出并形成浸润，最后破坏基底细胞，出现基底细胞液化变性。这个过程有多种因子的参与并形成一个连锁反应，最终引起扁平苔藓的病理变化。
