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子宫内膜异位症可能导致不孕不育的原因：①子宫与直肠重度粘连致使子宫后倾并固定，输卵管随之而变位再加上伞端有粘连，影响拾卵功能。
②输卵管的蠕动因纤维组织增生、瘢痕的形成而减弱以致影响吸取及运送卵子的功能。③如双侧卵巢均已形成较大的囊肿，则因输卵管被拉长以致其正常功能受影响。④合并无排卵型月经，或卵泡黄素化不破裂，可能是导致不孕的原因之一。⑤近年研究表明，子宫内膜异位症患者的宫腔内环境存在许多异常，可影响早期胚胎的种植，增加早期胚胎的夭折和流产，从而引起不孕
。⑥近年研究还表明，仅轻度子宫内膜异位症可引起盆腔局部微环境的改变，腹腔内以巨噬细胞为主的局部免疫系统被激活引起的一系列效应，以及局部激素的变化与不孕的发生密切相关。
