不管用哪种方法治疗，尖锐湿疣在临床治愈后总有一部分病例会复发，那么，如何预防复发，如何降低复发率呢？
首先是治疗要彻底，不仅要治疗用眼睛看得到的疣赘状新生物，还要治疗用眼睛所不易看到的亚临床感染的损害。在治疗前，先以3%～5%的醋酸溶液涂于或敷于外阴部，这样不仅尖锐湿疣的损害看得更清楚，而且亚临床感染的部位也可以清楚的显现出来。局部治疗不仅要治疗疣，同时还要包括亚临床感染的区域，这对减少复发是重要的。此外，对复发病例可以采用咪喹莫特凝胶治疗，并在疣体清除后继续外用一段时间。
其次是尖锐湿疣治愈后，仍应定期去医院复查，一旦出现复发应及时治疗，经过3个月随访无复发者方可认为是治愈了。
最后是在治疗期间应避免性生活。对于容易复发的病例，必要时应检查他(她)的免疫功能，实验证据表明，细胞免疫功能低下或有缺陷的人容易染上尖锐湿疣，而且疣体长得较快。因此，对免疫功能低下或有缺陷者应采用全身性的药物以增加机体的抵抗力。
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