目前，治疗尖锐湿疣多采用局部疗法与全身疗法相结合的方法。不同的治疗方法，有各自的适应症及其优缺点，选择正确的治疗方法对治疗疾病有重要作用。
1.药物治疗。包括免疫制剂（如聚肌胞），抗病毒制剂（如无环鸟苷口服），中药制剂等多种药物，只能辅助治疗。
2.冷冻疗法。液氮或二氧化碳干冰冷冻，使湿疣组织坏死其最大好处是去除疣组织快，但在治疗过程中出现局部红肿，疼痛及水泡溃疡反应，目前少采用。
3.激光疗法。常用的是二氧化碳激光，烧灼疣体，一般1次就可脱落。由于激光过于集中，适用于疣体不太大的湿疣。激光疗法见效快，但复发率也高。
4.电烧治疗。电烧灼是一种较老的治疗方法，用高频电刀烧灼疣体及赘生物。其特点是操作简单，减小快。但是，损伤面积大，烧灼创面恢复慢，复发率较高。
5.手术治疗。
对带蒂较大、孤立的或疑有恶变质的疣体及赘生物可以采用。有的患者尖锐疣体生长过于迅速，或大于菜花，也可考虑手术治疗。为防止复发，手术应该配合其他治疗。
6.光动力疗法。此方法疗效确切，清除率高，复发率低，安全无创，不需麻醉，无痛苦。最大的优势是可以清除潜伏感染病灶及HPV亚临床感染，显着减低复发率。尤其适用于尿道，宫颈内及肛周周围等特殊部位的治疗。同时，特别适用于易复发的湿疣及其他方法无效的尖锐湿疣光动力疗法，是目前最理想的疗法。
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