药物治疗是抑郁症最主要的治疗方法，具有起效相对较快，疗效比较确定等优点。适合于中度、重度抑郁症患者。各种抗抑郁药物的疗效大体相当，但又各有特点，药物的选择一般取决于以下因素：
抑郁症状的特点
一般伴有明显激越的抑郁发作可优先选用有镇静作用的抗抑郁剂。
伴有强迫症状的抑郁发作可优先选用选择性5-羟色胺再摄取抑制剂和氯米帕明。非典型抑郁可选用单胺氧化酶抑制剂或选择性5-羟色胺再摄取抑制剂。伴有精神病性症状的抑郁发作不宜选用安非他酮。
既往用药史
如既往治疗药物有效则继续使用，不宜更换。
药理学特征
如镇静作用较强的药物对明显焦虑激越的患者可能较好。
药物间相互作用
考虑与其他药物间有无药效学或药动学配伍禁忌。
治疗收益及药物价格
目前一般推荐选择性5-羟色胺再摄取抑制剂、5-羟色胺和去甲肾上腺素再摄取抑制剂、去甲肾上腺和特异性5-羟色胺能抗抑郁药。但由于价格因素，在我国不少地区阿米替林、氯米帕明、马普替林等仍作为治疗抑郁发作的首选药物。
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