在病理上根据病灶增生的程度，乳腺囊性增生症常被分为轻、中、重度。
1、轻度增生
基本不会转化成乳腺癌，轻度增生包括腺病、纤维变性、上皮细胞轻度增生无异形性，囊肿形成等，占所有乳腺囊性增生症的70%。
2、中度增生
发生乳腺癌的危险是正常女性的1.5~2倍，此时突出表现为导管或小叶上皮的中度增生无异形性和硬化腺病，占所有乳腺囊性增生症的26%。
3、重度增生
即导管或小叶上皮非典型增生，当上皮细胞出现非典型性增生时，会促使乳腺囊性增生的病灶发展成乳腺癌癌前病灶，且非典型增生的异型性越大，发生乳腺癌的几率越大，是正常女性的4~5倍，仅占4%。
乳腺非典型增生分为导管上皮和小叶上皮非典型增生两种，导管上皮非典型性增生又分为轻、中、重三级。
小叶上皮非典型增生则表现为病变小叶增大，末梢导管或腺泡增多、变粗，上皮细胞增生明显等。
有报道认为，当导管或小叶上皮的非典型性增生的异型性达到一定的程度，且这种与正常和（或）轻、中度增生的细胞混杂的非典型性增生的细胞数超过了一半时，就要考虑诊断为导管或小叶原位癌。
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